关于店员偷窃营业款且未领工资能否拒发的问题，可依据《中华人民共和国劳动合同法》明确：
《中华人民共和国劳动合同法》第三十条规定：“用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。”店员偷窃属违法行为，用人单位可依法追责其赔偿责任，但未领工资是其劳动应得报酬，不能以此为由拒发。因此，用人单位必须支付未领工资。
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处理店员偷窃营业款且有未领工资的问题时，需避免以下错误操作：
1. 直接用未领工资抵扣偷窃损失：工资是合法劳动报酬，与偷窃行为分属不同法律关系，用人单位无权擅自抵扣，否则构成拖欠工资，需担责。
2. 未保留证据即公开指责或处理：无确凿证据时公开指责、辞退或罚款，可能侵犯店员名誉权，需赔礼道歉并赔偿损失。
3. 忽视法律程序私自解决：私自扣押物品或限制人身自由逼赔偿属违法行为，会带来更大法律麻烦，甚至承担刑责。
若不确定合法处理方式，可咨询我为您提供详细解答，避免错误操作带来风险。
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店员偷窃营业款且有未领工资时，用人单位不能直接以未领工资抵扣偷窃损失，具体分情况说明：
1. 偷窃事实已确认（如监控、员工承认等证据充分）：用人单位应通过报警或民事诉讼追究赔偿责任，但仍需支付未领工资。工资与偷窃分属不同法律关系，不可直接抵消。
2. 偷窃事实无确凿证据：更不能以此拒发工资。应先协商或通过劳动仲裁解决工资争议，同时积极收集证据核实偷窃行为。
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处理店员偷窃营业款且有未领工资的问题时，以下特殊情形需注意：
1. 偷窃金额未达盗窃罪立案标准：根据《中华人民共和国刑法》第二百六十四条，盗窃数额较大才构成犯罪。此时无法追究刑事责任，只能民事诉讼追讨小额营业款，但仍需支付店员未领工资。
2. 店员能证明未偷窃：若店员提供不在场证明、监控等证据证明清白，店铺需足额支付工资，还可能因错误指控面临名誉侵权赔偿，需先道歉再重新调查。
3. 劳动合同有特殊约定：若合同明确约定偷窃可扣工资，且扣除后不低于当地最低工资标准，不违反法律强制性规定，可在证据确凿时按约定适当扣除，但不能全部扣除。

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