公司分两次发工资时，以下特殊情况会影响生育津贴的处理：
1. 女职工在产假前12个月内更换工作单位：若女职工在生育前12个月内曾在多个单位工作，且每个单位都分两次发工资，需合并所有单位的工资流水计算平均工资。此时需向各单位索要工资记录，若某单位拒绝提供，会导致平均工资计算不完整，影响津贴金额。
2. 公司未依法缴纳生育保险：若公司分两次发工资但未给女职工缴纳生育保险，生育津贴需由公司全额支付。此时公司可能以“分两次发工资是两部分主体支付”为由拒绝按合并工资计算，女职工需通过劳动仲裁证明两次发放均为公司支付的劳动报酬，维权流程更长、难度更大。
3. 两次发放包含非常规奖金：若产假前12个月中，某几次的第二次发放是年终奖、项目奖金等非常规性收入，部分地区社保政策可能要求剔除该部分后计算平均工资（如仅按每月固定发放的5000元计算，剔除年度一次性奖金12000元），导致津贴金额低于预期。
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公司发工资分两次发时，生育津贴仍以女职工产假前12个月的平均工资为计算基础。
生育津贴的计算基于女职工产假前12个月的平均工资。
1. 若公司分两次发放的工资均为女职工的正常劳动报酬（如基本工资+绩效/奖金）：产假前12个月的平均工资需将两次发放的金额合并计算，即每月实际到账的总工资之和除以12个月。
2. 若两次发放中包含非劳动报酬性质的款项（如报销款、福利补贴）：需剔除该部分非工资收入后，再计算产假前12个月的平均工资。
3. 若女职工未参加生育保险：生育津贴由用人单位按其产假前12个月的平均工资（合并两次发放的工资总额）全额支付。
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公司发工资分两次发时，生育津贴的计算需依据相关法律法规对“平均工资”的定义确定。
根据《中华人民共和国社会保险法》第五十六条规定，生育津贴按照职工所在用人单位上年度职工月平均工资计发；《女职工劳动保护特别规定》第八条进一步明确，已参加生育保险的，生育津贴按用人单位上年度职工月平均工资由基金支付，未参保的按女职工产假前工资由单位支付。这里的“产假前工资”指女职工正常提供劳动时的月工资，公司分两次发放的工资若均为劳动报酬，应合并计入“产假前工资”范畴。因此，即使工资分两次发，计算生育津贴时需将每月两次发放的工资总额合并，再计算前12个月的平均值，以此作为生育津贴的计算基数。
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公司分两次发工资时，女职工在生育津贴计算与申请中易出现以下错误操作：
1. 仅提供单次工资流水：部分女职工申请时只提交其中一次工资发放的流水，导致社保机构或公司按“半额工资”计算生育津贴，造成津贴金额减少。
2. 混淆工资与非工资款项：误将公司分两次发放中的报销款、过节费等非劳动报酬计入工资总额，导致平均工资计算虚高，申请时被驳回或要求重新核算，延误津贴领取时间。
3. 未及时主张差额权益：若生育保险缴费基数低于合并后的平均工资，未在产假结束后1年内向公司提出补足差额的要求，超过劳动仲裁时效后无法维权。
这些错误可能直接影响生育津贴的金额和领取效率，建议您进一步向律师咨询，避免因操作不当造成损失。

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