针对公司发书面警告并扣除工资的情况，存在以下特殊情况会影响处理结果。1.公司规章制度未依法公示：若公司依据的规章制度未通过员工手册发放、内部培训或公告栏公示等方式告知员工，即使警告内容基于事实，该规章制度也不能作为扣款依据，公司的扣款行为将被认定为违法。2.员工处于医疗期或孕期：若员工因患病处于医疗期，或处于孕期、产期、哺乳期，公司以轻微违规为由发警告并扣除工资，可能违反《女职工劳动保护特别规定》或医疗期相关规定，需承担违法用工的法律责任。3.扣款用于“罚款”而非“赔偿损失”：若公司扣除工资是对员工的“罚款”（无实际损失），而非因员工违规给公司造成损失的赔偿，该扣款行为因缺乏法律依据而无效；若属于赔偿损失，需以实际损失为限且扣除后工资不低于最低工资标准。
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针对公司发书面警告并扣除工资的情况，可能存在以下法律风险点。1.工资支付违法风险：若公司扣除工资后，员工当月实际工资低于当地最低工资标准，根据《劳动合同法》第八十五条，员工可向劳动行政部门投诉，公司将面临限期支付差额及加付赔偿金的风险。例如，某地最低工资标准为2000元，员工月工资3000元，公司因警告扣除1000元，剩余2000元虽达标，但扣除比例达33%超过法定20%（即600元），超出部分500元需返还，并可能加付赔偿金。2.警告内容不实的侵权风险：若书面警告内容虚构员工违规事实，可能构成对员工名誉权的侵犯。例如，公司无证据指控员工“泄露商业机密”并发出警告，导致员工在公司内部声誉受损，员工可向法院提起名誉权诉讼，要求公司赔礼道歉并赔偿精神损失。
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针对公司发书面警告并扣除工资的合法性，可依据相关法律规定进行分析。根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十五条规定，用人单位未按照劳动合同约定或国家规定及时足额支付劳动报酬的，由劳动行政部门责令限期支付，逾期不支付的需加付赔偿金。若公司发书面警告后扣除工资的行为，未在劳动合同或公示的规章制度中明确约定违规扣款标准，或扣款后员工工资低于当地最低工资标准，即属于“未足额支付劳动报酬”的情形，违反该法条规定。反之，若扣款依据合法且未突破法定限制，则符合法律要求。
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针对公司发书面警告并扣除工资是否合法的问题，需结合具体情况判断。公司发书面警告并扣除工资是否合法，取决于警告内容、扣款依据是否符合法律规定及公司规章制度。1.若书面警告内容基于员工真实违规事实，且公司规章制度对该违规行为有明确规定，同时扣款未超过员工月工资的20%且剩余工资不低于当地最低工资标准，则通常合法。2.若书面警告内容无事实依据，或公司规章制度未明确规定该违规行为可扣除工资，或扣款超过法定比例、导致剩余工资低于最低工资标准，则属于违法行为。

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